キャッシュが原因で表示できなくなるのはちょっと思いつかないですね。
あり得ないと思います。なにが原因でしょう・・・。
スタイルをヘッドタグに出力するようにしているのでキャッシュされませんからそれが原因で表示が崩れるってのはあるでしょうけど。
インストールされたプラグインを私もインストールしてみましたが、
documentをどうこうする類のものではないし、Javascriptで操作するidやclass名とも関係なさそうでした。
実際、うちでは何も問題ありませんでした。
実際にどういう設定でそうなったのかを教えて欲しいです。
うちではスタイルがキャッシュされないため表示が崩れる(デフォルトのスタイルになる)くらいで何も再現できませんでした。
さらに変更を加えたものをここに置きます。
ランゲージファイルを加えた後正式に公開する予定です。
パラメータを追加しているので保存し直してください。
スタイルについては、キャッシュ対応していますが、スタイルの出力をOFFにできるようにしたので一度出力させてからソースを表示し、スタイルの部分
をコピーし、お使いのテンプレートのスタイルシートにコピーして使った方がソースは、綺麗になります。
また、キャッシュに左右されません。
余談ですが、retroさんのサイトを拝見しましたが、Javascriptエラーが一件ありました。
私は、Firefoxで見ています。

さらにリロードすると大丈夫なときもありますが、Norton 2008で
「疑わしいWebページを遮断しました」
と表示され、見られなくなるときがありましたよ。
サイトのエクステンションを一度チェックされてはいかがでしょう。