そのシステムに対応するエクステンションを作成する。システムによって、プラグインであったり、モジュールと呼んだり、アドオンだったりします。PHPのコード自体は、PHPなので同じですが、それをそのシステムで動くようにするために、どれだけそのシステム専用のコードを書かなければいけないかは、そのシステムに依存します。
例えば、Joomla!なら
Joomla!1.0.xの時は構造は単純でした。1.5になってどうかというと特別変わっていないが、フレームワークを使う事(使わなくてもできる)で、より簡単に書ける。
テンプレートも同様に専用のタグをHTMLに挿入する事で簡単にできる。
他のシステムで、XMLファイルにPHPコードを書き、さらにphpファイルを用意して定義するというものがあった。さらにテンプレートはというより、ただの画像置き換え、システムの管理画面でテンプレートを編集・変更するというものでした。
私としては、オリジナル色が薄い方がありがたいし、テンプレートも使い慣れたHTMLエディタで編集したいものです。もちろん、エディタで編集して貼り付ければ良い事はわかっていますが。
独自のタグを使い独自のメソッドを使わなければならない制約は、そのシステムを使っていない人にとっては、わかりづらく理解に時間がかかりますね。
やっぱJoomla!が良いよ。