とっても大きな違いは、PHP4をサポートしないようです。現在PHP4以下のサーバーで運用中の人はアップグレードできません。（当然か）そして Legasyモードが無くなるようです。レガシーなエクステンションが使えなくなるので1.6が、公開されてもなかなかアップグレードできない方が多くなるのではと思います。

うちのサーバーは、PHP４と５を切替でき現在、PHP５を使っているので問題ありません。レガシーなエクステンションは、私としては使わない方が良いと思っているのでこれも、私にとっては問題ありません。

いつ、公開されるのかわかりませんが、今後もJoomla!を使い続けていくのなら最新のシステムで且つ、古いエクステンションを使わないようにした方が良さそうです。

まだ、新規で構築するサイトでJoomla!1.0.xが選択されている事があるようです。それは、使えるエクステンションがJoomla!1.5と比較してダントツに多いからなのはわかっています。このサイトも1.0.xなのは自分のエクステンションがまだ、用意できていないからですし。

以下の理由でJoomla!1.5を推奨します。

理由：WEB制作会社向き

1. コードの再利用が楽になる
   エクステンションを一度開発側に作らせておけば、以後の開発費が安く済みます。
   （うちに頼んでね・・・。）
2. 今後または、現在出ている新しいエクステンションは、ほとんどJoomla!1.5用である
   Joomla!1.0.xを利用している限り古いコードで作成された古いエクステンションを使わざるを得ない。また、新しいサービスに対応したエクステンションが出ないかもしれない。
3. Joomla!1.0.xより攻撃されにくい
   Joomla!1.0.xで構築しているとサードパーティーのSEFエクステンションでも導入していない限りJoomla!で構築していることが誰にでもわかってしまうので今まで公になっている穴をついた攻撃にさらされやすい。（現にこのサイトがそうである。）
4. カスタマイズしやすい
   １．にもつながる理由ですが、エクステンション側だけでなく、テンプレート側でもかなりカスタマイズが容易なため生産性が高い。