ついでにホームディレクトリが、デフォルトでは一つ上の階層になっているのを本来のホームに変更してみました。

Root/administrator/components/com_joomlaxplorer/config/conf.php

$dir_above = substr( $mosConfig_absolute_path, 0, strrpos( $mosConfig_absolute_path, $GLOBALS["separator"] ));
        if( !@is_readable($dir_above)) {
                $GLOBALS["home_dir"] = $mosConfig_absolute_path;
                // the url corresponding with the home directory: (no trailing '/')
                $GLOBALS["home_url"] = $mosConfig_live_site;
        }
        else {
                $GLOBALS["home_dir"] = $dir_above;
                // the url corresponding with the home directory: (no trailing '/')
                $GLOBALS["home_url"] = substr( $mosConfig_live_site, 0, strrpos($mosConfig_live_site, '/'));
        }

を

//       $dir_above = substr( $mosConfig_absolute_path, 0, strrpos( $mosConfig_absolute_path, $GLOBALS["separator"] ));
//      if( !@is_readable($dir_above)) {
                $GLOBALS["home_dir"] = $mosConfig_absolute_path;
                // the url corresponding with the home directory: (no trailing '/')
                $GLOBALS["home_url"] = $mosConfig_live_site;
//      }
//      else {
//              $GLOBALS["home_dir"] = $dir_above;
//              // the url corresponding with the home directory: (no trailing '/')
//              $GLOBALS["home_url"] = substr( $mosConfig_live_site, 0, strrpos($mosConfig_live_site, '/'));
//      }

のようにコメントアウトしただけです。

このコード上部に書かれているように1.3.0からサイトの一つ上の階層を表示するように変更されたようです。以前から気になっていたのですが、バグかと思っていました。