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PHPソースが綺麗だと見る方もわかりやすいですよね。私も気を付けなくてはと思っています。
便利なフリーのツールがあります。
WaterProofから提供されている。phpCodeBeautifierというツールです。
以前からあるのでご存じの方も多いことと思います。ここにある「PHPEdit」（有料）も良いツールだと思います。以前に試したとき迷ったエディタでした。もちろん英語ですが、日本語の入力は問題ありませんでした。人それぞれ書き方が違うのでの大抵、ソースを整形してから見るようにしています。
同様にJavascriptもそうですよね。ですが、Javascriptは圧縮されていることがよくあるのでその時はさっぱりわかりませんよね。サイズの大きいファイルだとよけいです。その時は、たとえ圧縮されていてもこれを使って整形してみてください。
先日１MB位ある圧縮されたJavascriptファイルをやってみました。かなり時間がかかりましたが（サイズがでかいので）、難読化もされていたのですが、まあまあ読める位にはなりましたよ。圧縮されていないソースがなくてお困りの時は一度使ってみてはどうでしょう。
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