できないと思っていたのですが、できるようです。プロファイルを分けてショートカットのパラメータを変更すればできました。

参考にさせていただいたURL

http://www.techdego.com/2007/01/firefox.php

方法

まだ、Firefox 3をインストールされていない方は、Firefox2とは別のフォルダにインストールします。

例えば

C:\Program Files\Mozilla Firefox\firefox.exe

が Firefox 2のインストール先だとすると

C:\Program Files\Mozilla Firefox3\firefox.exe

などとインストールします。インストールするとショートカットもFirefox3のパスのもので上書きされます。

インストール後、ショートカットを複製します。プロパティから

"C:\Program Files\Mozilla Firefox3\firefox.exe"

となっている部分をFirefox2のパスに変更し、最後に -pを追加します。

"C:\Program Files\Mozilla Firefox\firefox.exe" -p Firefox2用プロファイル名 -no-remote

Firefox3のショートカットにも同様に

"C:\Program Files\Mozilla Firefox3\firefox.exe" -p Firefox3用プロファイル名

と指定します。どちらかのショートカットには -no-remoteが必要なようです。

これで同時起動できるようになりました。比較したり、動作確認など便利に使えそうです。