それは違います。

有料のCMSやスクラッチで作成したWEBアプリケーションのバグを修正するのは無料の場合もあるでしょうが、その分初期コストに反映されている（高いだろ）はずです。逆にGPLのJoomla!のようなCMSを使って作成されたWEBアプリケーションは低コストですが、オリジナルの部分（独自開発部分）については有料のものと同じです。

考えなくてもGPLのJoomla!が得でしょう。また、バグというものは、有名だから、たくさん使っているから、発見しやすく、対策も早いですが、そうでないオリジナルの物は発見されにくいですが、その時に受ける被害は甚大になりやすいと思います。時にはサイト自体を一旦閉鎖しなくてはならないでしょうし、提供しているサービスを停止せざるを得ない自体にもなりかねないと思います。その甚大な損害をその初期コスト相当で回収できるでしょうか。

では何を選択するのがベストなのでしょう。

やはり、たくさんの利用実績のあるGPL製品のCMS（もちろん安定版以上のものです）を使って且つ、その製品にネイティブなアプリケーションで構築されたシステムがベストではないでしょうか。コストも安く済み、且つ問題点も自ら発生するものから発見されるのではなくても改善されていき、関連するバグフィックスもそのネイティブに開発されたアプリケーションに反映されます。

既存のCMSの機能をうまく活用していけば、少ない作業で素早く目的がかなうことになるのは間違いないと思います。